保证责任不同：履约保函保证施工方履行工程建设合同责任和义务，而预付款保函则保证施工方履行扣还预付款的义务。

担保时间不同：履约保函的担保时间往往贯穿整个项目，时间较长；而预付款保函的担保时间相对较短，一般不超过30-90天。